自新中国成立特别是改革开放以来，我国诞生了一批自主创新并拥有自主知识产权的高技术企业。但与经济发达国家相比，我国拥有的这些企业仍旧太少，无法满足国家转变经济增长方式、缓解资源矛盾的需要。最近，中央提出要加快转变经济增长方式，其中一个重要的途径就是着力提高原始创新能力、集成创新能力和引进—消化—吸收再创新能力，为转变经济增长方式提供强大科技支撑。因此，研究企业的自主创新问题有重要的理论意义和实际意义。　　迄今，作为国家自主创新体系的主体，我国企业创新能力的发展状况也令人担忧。立足现实，我们只有努力提高企业的自主创新能力，尤其是核心技术、关键技术的创新，才能保障我国经济稳定、持续的增长。　　当前，我国企业开展原创性自主创新的动力不足，激励机制和政府政策无疑是关键所在。首先，企业激励机制及政策事关企业自主创新、高新技术的发展和高技术产业结构升级;其次，激励机制及政策涉及管理学和经济学两大学科，通过这些问题的研究有利于推动企业治理结构理论和管理战略理论的研究。其三，企业自主创新激励机制及政策问题是我国工业化实践中的重大问题，对其的研究可以有力地推动我国在更多的领域掌握更多的核心技术和关键技术，提升企业的国际竞争力。　　为此，本文做了如下工作:　　1.通过对理论研究的回溯得出:当前国内对自主创新激励机制的研究存在几个不足:一是激励机制的研究不系统;二是未深入讨论自主创新系统的激励要素和要素关系，提出清晰的激励路径;三是对激励的有效性分析不足;四是对我国自主创新激励的政策分析不彻底。　　2.通过对自主创新激励要素及其关系的研究，发现自主创新系统是具有时间滞后特性的非线性的动态社会系统。这种高度非线性是由于系统中的激励要素及激励要素之间相互作用的多样性、复杂性等造成的。同时，我们还对激励要素因果关系及相互作用进行了分析，希望能对企业自主创新激励效果和激励效率产生积极影响，以促进企业的自主创新。　　3.建立了“影响企业自主创新的递阶解释结构模型(ISM)”，该模型揭示了自主创新要素的作用机理，得出了如下结论:　　(1)企业是自主创新的主力军，坚持建设以企业为主体的创新园区。　　(2)市场竞争压力及市场需求拉动和技术需求，是企业创新的第一内在动力。　　(3)企业家才能是创新能否成功的最重要因素之一。这些才能包括:创新战略能力、创新的组织管理能力等。　　(4)大型项目及共用技术的自主创新，由于具有需求资金大、周期长、风险高等特征，国家资金的高投入和资源支持力度是这些项目创新成功的保障。　　(5)积极推动、支持大企业集团自主创新及发展壮大的政策。　　(6)深化国家科技管理体制改革。集中科研经费，重点支持有重大和战略意义的自主创新，如基础科学研究、航空航天工程、电子信息通讯工程、生物基因制药工程、环保节能工程（低炭工程）、核聚变研究等重大科研项目。　　(7)增加R&D投入，坚持原始创新，占领创新的制高点。　　(8)高效率的管理体制、健全的创新激励机制和良好的创新氛围，能够极大地激发科技人员的创新潜能，缩短自主创新周期。　　这些结论可以为企业自主创新激励机制的设计者提供更宽泛的思维路径。　　4.对企业自主创新的有效性进行测度，运用数据包络分析(DEA)，对样本的自主创新效率进行了评价和分析，得出了提高企业自主创新有效性及激励企业自主创新的若干结论:　　(1)积极开展产学研合作以提高企业自主创新的成效。　　(2)企业应根据创新的要素条件投资能力、技术能力和创新努力选择创新模式，雄厚的资金是自主创新有效性的重要物质保证。　　(3)企业自主创新有效性高不高，主要是在于市场经济环境要求的自主创新投入机制和利益驱动机制。政府和企业要加大营造良好创新环境的力度，改进和完善企业自主创新政策法规、人才激励、市场运行、知识产权保护、创新文化氛围等多方面，提高企业自主创新资源的利用效率。　　(4)强调相关企业之间的分工协作，充分利用集群企业及外部的创新资源，并继续实行“以市场换技术”的创新战略，可以多快好省地实施自主创新。　　5.通过对企业自主创新案例的实证研究，验证了上述研究结论的正确性，提出了提升我国企业自主创新激励有效性的对策建议。　　论文主要创新:　　1.对企业自主创新激励要素及要素关系进行了分析，利用ISM技术建立“影响企业自主创新的递阶解释结构模型”。研究弥补当前对企业自主创新激励机制讨论的不足，发展了企业自主创新理论;对当前企业自主创新政策的合理性进行分析，提出改进建议与发展方向。　　2.建立了企业自主创新评价体系，利用DEA方法对不同行业的企业自主创新的有效性进行测度，拓展了DEA方法的应用范畴。　　3.提出了提升企业自主创新激励有效性的对策建议。