西瓜是世界上重要的水果型蔬菜之一,尤其在夏日水果中的地位不可替代。长期的人工驯化和杂交使西瓜育种材料日趋单调,育种材料亲缘关系太单一,造成育种工作很难取得突破。为了有效地利用西瓜种质资源,突破西瓜育种的资源瓶颈,需持续而深入地对西瓜种质资源进行收集和研究,特别是要对现有种质资源进行系统鉴定和评价。本研究以来自世界各地的167份西瓜种质资源为材料,利用形态学标记和SSR分子标记,结合多样性分析、聚类分析、主坐标分析和相关性分析等方法,对其遗传多样性进行了较全面的研究。主要结果如下:1.利用29个形态学性状来说明167份西瓜种质的遗传多样性:Shannon多样性指数的变化范围是0.54-2.03,平均值为1.50,其中质量性状平均值为1.16,数量性状为1.71,其中多样性指数最大的是种子长度(2.03),多样性指数最小的是表面光滑度(0.54);变异系数的变化范围是16.43%-90.73%,变异系数平均值为34.12%,其中边糖含量的变异系数最大(90.73%),最小的是子叶宽度(16.43%)。2.利用形态学标记所有种质划分为五个组群,亚洲材料主要集中于组群Ⅰ和Ⅴ,非洲材料主要集中于组群Ⅱ,北美洲材料主要集中于组群Ⅲ,组群Ⅳ是一个混合群,材料来源分散;主坐标分析的结果为,前三个主坐标的方差贡献率分别为16.24%、10.04%和8.29%,所有的种质材料分为4个区域,与聚类分析结果基本一致。3.利用22对SSR分子标记检测167份西瓜种质材料的基因型,获得107个多态性位点,单个引物检测到2-8个等位基因,平均每对引物扩增出4.86个等位基因,多样性指数变幅是0.54-1.61,平均值为0.94;期望杂合度(He)在0.27和0.77之间,平均0.52。多态性信息含量(PIC)在0.25和0.73之间,平均值为0.45。4.在SSR分子标记群体结构分析中,将167份西瓜种质材料分为4个群体,P1类群含有13份种质(7.78%);P2类群包含64份种质(38.32%),P3类群含有73份种质(43.71%),P4类群包含17份种质(10.18%)。对所有材料的Q值进行分析,127份(76.05%)材料的Q值大于0.80,40份材料的Q值介于0.49和0.80之间。5.利用分子标记对167份西瓜种质材料进行聚类分析,结果分为4个类群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ),其中,种质1和55分别聚为一类,第Ⅱ类群共148份材料,第Ⅳ类群共17份材料。主坐标分析发现所有材料可以分为2个大区域,对应聚类的2大类。第一个区域的材料可以分为3个小区域,加上第2大区域,共4个区域,和Structure群落结果高度一致。与聚类结果基本一致。6.Mantel检验两种标记的聚类分析结果,形态学标记与SSR分子标记的相关系数r为0.43,即在本实验中两种标记聚类结果的一致性相对较低。