基于受体捕获的人源诺如病毒检测新方法的优化及应用

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人源诺如病毒(human noroviruses,HuNoVs)是造成非细菌性急性肠胃炎的主要病原体之一。反转录PCR法(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)和反转录实时定量PCR法(real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,RT-qPCR)是目前最常用检测HuNoVs的方法。但是,这两种方法均无法区分检测信号是来自于完整的病毒粒子,还是游离的RNA或衣壳蛋白部分降解的病毒粒子;而且环境和食品样品等基质中HuNoVs滴度低、成分复杂,很难准确地检测出HuNoVs。如何解决上述技术问题成为HuNoVs检测、监测和防控的关键。为了检测感染性HuNoVs粒子,基于受体捕获的原理,我们已初步建立了原位捕获反转录实时定量PCR法(in situ capture real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,ISC-RT-qPCR),并以该方法评估杜兰病毒(Tulane virus,TV)和HuNoVs的灭活效率。但是,该方法尚未得到优化及应用于食品样品检测。在前期工作的基础上,本研究从猪胃粘膜提取物(porcine gastric mucin,PGM)PGM包被的浓度、HuNoVs孵育的时间和pH等多个因素对ISC-RT-qPCR方法进行了优化。结果显示:1.0 mg/mL为PGM溶液的最佳浓度,III型PGM最佳,溶液状态下保存期可长达56天。考虑到时间成本和检测效率,选取30 min为样本最佳孵育时间;pH=3.0为GI组HuNoVs腹泻样本最佳孵育pH环境;pH=7.0 GII组HuNoVs腹泻样本最佳孵育pH环境。因此,ISC-RT-qPCR方法是一种简单快速、成本低的HuNoVs检测方法。本研究将ISC-RT-qPCR方法与传统RT-qPCR方法进行比较。结果表明,与传统方法相比,ISC-RT-qPCR方法的GI和GII组HuNoVs检测灵敏度分别提高10倍和100倍。另外,对15株临床腹泻样本进行HuNoVs检测。结果表明,10份腹泻样本呈阳性,5份腹泻样本呈阴性。这与RT-PCR验证的结果有100%的一致性。因此,ISC-RT-qPCR方法是一种灵敏度高、特异性强的HuNoVs检测新方法。将ISC-RT-qPCR方法应用于人工污染牡蛎、市售牡蛎中HuNoVs的检测,并以传统RT-qPCR方法进行平行检测。结果表明,人工污染牡蛎样本中鳃组织、消化腺和其他组织中均有HuNoVs检出,且鳃组织中病毒滴度最高;36份市售牡蛎样品(每月3份,采集共12个月)中ISC-RT-qPCR的病毒检出率显著高于传统RT-qPCR(p<0.05),且鳃组织是ISC-RT-qPCR检测牡蛎中HuNoVs的靶组织。将ISC-RT-qPCR应用于40份市售贝类样品(文蛤、花蛤、海蛏、扇贝和鲍鱼)的HuNoVs检测。结果表明,贝类中HuNoVs总检出率为22.5%,多重检出率为5.0%;GI组和GII组HuNoVs的检出率分别为17.5%和10.0%。综上,ISC-RT-qPCR可用于市售样品中HuNoVs检测。另外,ISC-RT-qPCR操作简便、可批量检测、成本低、环境友好、无需核酸提取等复杂操作,有巨大的应用前景。
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