DNA甲基化是细胞的一种表观遗传现象,在细胞分化、发育及增殖过程中起着十分重要的作用.肿瘤细胞中基因组总体甲基化水平的降低和某些基因启动子区发生过甲基化是肿瘤最早,也是最常见的分子改变之一.异常DNA甲基化通常发生在CG密集区,称之为CpG岛,通常位于基因的控制区及第一外显子区.异常DNA甲基化与肿瘤抑制基因的转录失活密切相关,这种现象在肿瘤中非常普遍.因此,异常DNA甲基化的检测可以作为肿瘤诊断和预后的一个有用的分子标记.近年来相关的研究方法发展迅速,本文旨在发展几种DNA甲基化分析新方法,特别是高灵敏、高通量的分析方法.基因芯片的出现为DNA甲基化的高通量检测提供了技术平台.但是,与基因表达、SNP等生物芯片的研究进展相比,DNA甲基化检测芯片的研究近几年刚刚开始.目前国际上只有少数几个研究小组(如哈佛大学、密西根大学、英国sanger中心及东南大学等)开展DNA甲基化芯片的研究.我们发展了三种甲基化芯片用于甲基化DNA的检测.p16基因是一个典型的抑癌基因,它的失活与肿瘤的发生发展密切相关.而CpG岛异常甲基化则是导致p16表达缺失的一个重要途径.研究表明在肿瘤的每个时期都能发现p16基因异常甲基化,这说明p16基因异常甲基化是肿瘤发生中一个早期事件.因此,肿瘤相关基因的异常甲基化检测对于肿瘤的早期诊断与预后具有非常重要的临床意义.因此,本论文大部分工作以p16基因为研究对象开展研究.