明末学术思想领域，尤其是心学一派，日益显露出空疏玄虚、不务实际的流弊而创造活力也渐显疲态。一些具有清醒头脑和远见卓识的有志之士开始进行分析与批判，认为不能空谈心性，而更应该在“经世致用”的实学上下功夫。这样一种思想认识的不断抉发，再加之西学东渐所带来的实证科学之风的刺激，使得明清之际的学风逐渐出现了不同于以往时期的极大变化。在时代际遇与家学授受的综合作用之下，方以智的“质测”与“通几”之学得以生成，并成为了这一时期学风特点的突出诠释和代表。方法论层面的立意与考察则是我们理解方以智“质测”与“通几”之学思想内核的关键所在。
　　方以智通过对于外部自然现象、内部人身生理以及社会治教伦理等具体领域的实考实究，逐步形成了“类其性情”--“征其好恶”--“推其常变”这样一种方法论的逻辑结构和推演轨迹。正是在这样一种方法论模式的指导之下，方以智“物有其故，实考究之”的“质测之学”才能够有条不紊地加以展开，从而为我们通达个体事物的特性及其变化过程与条理提供了制度层面极有利的支持与保障，而其“质测之学”在方法论层面之意义也最终得以全面地开显。
　　方以智认为，对于天地万物的探索不仅要通过“实考究之”的“质测”方法而知其“然”，在此基础之上还要通过“深究其所自来”的“通几”方法而知其“所以然”。方以智的“通几之论”在方法论层面的主要内容集中体现为以下三个方面：“充类致尽，推所以通质”；“随立一名，皆可遍推”；“推而至于不可知，转以可知者摄之”。方以智正是通过这三个层面的逻辑推衍，天地万物之“所以然”及其运动变化的总规律才能够最终得以全面地呈显于我们的面前。
　　“质测”与“通几”作为两种风格迥异的方法论形态，方以智分析指出，二者之间不是截然分为两橛，而是“质测通几，不相坏也”。这即是说，“质测”与“通几”之间是一种辩证统一的关系，或者说它们在方法论的向度上构成了一个“辩证统一体”。方以智对于其方法论体系中的“质测通几，不相坏也”这一最高原则从虚实、博约等层面作了进一步的分析和论述，提出了“质测即藏通几，通几护质测之穷”的观点，同时还将“质测”与“通几”方法论结构体系的基本特点归约为“以费知隐，重玄一实”。
　　方以智通过“质测”与“通几”方法论原则的推阐而逐步通达了整个宇宙的真理，“质测”与“通几”之间也形成了一种“不相坏也”的辩证统一关系。方以智对于宇宙真理的探索不仅在方法论上主张“质测”与“通几”的兼合与“会通”，同时他还从“合质通”的立场出发，在对待古今、中外或“同质”或“异质”的诸种文化资源与不同学术流派时提出了“源分流一，大成贵集”的学术观，以期为走入瓶颈期的中国传统学术开出一剂行之有效的“救世”良方。
　　方以智承续家学所建构的“质测”与“通几”之学是因顺明清之际学术变迁大势并反映此一时期学风变化的突出理论成果。结合时代背景和哲学史的考察，方法论视域下的方以智“质测”与“通几”之学在思想内容上突出涵摄了调和朱王、折中会通、辩证思维以及体用三分等诸多理论触点。方以智的为学理路和学术气质不仅在当时对诸如顾炎武、黄宗羲、王夫之等主流思想家产生了极大的影响，而且对后世学术的发展也产生了多方面的积极作用。