兔须癣毛癣菌SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

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为建立兔须癣毛癣菌快速检测方法,参照Gen Bank已发表的须癣毛癣菌r DNA基因内转录间区序列(KP099602),采用Primer Express2.0软件设计一对特异性引物,上游引物为(5’-GCA AAG AAG CCT GGA AGA AG-3’,),下游引物为(5’-GGA GAC CAT CTG TGA GAG TT-3,)。提取基因组DNA,PCR反应体系为:Mix 12.5μL,上下游引物各0.5μL,模板DNA 1.0μL,加双蒸水补足25μL;PCR反应条件为:94℃预变性3min;94℃10s,60℃30s,72℃30s,72℃延伸10min,于4℃终止反应,建立了检测须癣毛癣菌SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,并用该方法对临床分离须癣毛癣菌和病料检测。结果显示以循环阈值(Ct)为纵坐标,以拷贝数的对数值为横坐标,建立标准曲线。标准品在1.0×10~1.0×109拷贝/μL浓度范围内呈良好的线性关系,回归曲线斜率为-2.700,截距为39.056,相关系数R2=0.9936。该方法最低可检测到10拷贝/μL。溶解曲线测试结果为单一波峰,产物Tm值均一,为84.48~88.65℃。样品检查显示须癣毛癣菌出现特异性扩增曲线,为阳性。而犬小孢子菌、絮状表皮癣、红毛癣菌、白色念珠菌和烟曲霉未出现特异性曲线,为阴性,表明试验中所建立的反应体系具有很好的特异性,与其他病原真菌基因组DNA之间无交叉反应。敏感性试验发现该方法能检出10拷贝/μL的须癣毛癣菌DNA,而常规PCR只能检出1000拷贝/μL的DNA,即SYBR Green I实时荧光定量PCR的敏感性是常规PCR的100倍。各浓度梯度,Ct变异系数在0.38~2.08%。同一浓度3个平行定量PCR扩增曲线基本一致,提示该定量PCR方法稳定,重复性较好。这些表明该方特异、敏感、稳定可应用于须癣毛癣菌的检测。
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