棉花是重要的经济作物，然而棉花黄萎病、枯萎病、高盐等生物和非生物胁迫已严重影响了棉纤维品质和棉花生产的经济效益。因此，研究棉花本身的抗病、逆境胁迫耐受性相关基因的功能就显得至关重要。利用双向电泳(2-DE)技术结合质谱鉴定和生物信息学方法，分析了棉花黄萎病菌诱导棉花幼苗根的蛋白质组变化，鉴定出119个差异表达蛋白质点，筛选出74个蛋白点(上调点38个，下调点36个)进行质谱鉴定。黄萎病菌接种后5天的差异蛋白显著富集在亚麻酸代谢，次生代谢物质合成，萜类化合物生物合成，多胺合成，半乳糖代谢，类黄酮生物合成与代谢途径，这些代谢途径直接或间接地参与了棉花抗病反应，如谷胱甘肽S-转移酶、腺苷甲硫氨酸合成酶、病程相关蛋白、苯丙氨酸解氨酶、过氧化物酶、几丁质酶、脂氧合酶、丙二烯氧化物合成酶、二磷酸甲羟戊酸脱羧酶、筛管阻塞蛋白等。