深度解析野芥花发育基因库

来源 :中国作物学会油料作物专业委员会第七次会员代表大会暨学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:owg
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  新疆野芥(Sinapis arvensisL.)是一种强势的杂草,具有很强的生存适应能力.野芥根系发达,生长势强,具有抗菌核病和黑胫病、抗裂角基因资源.通过远缘杂交创建的新型油菜胞质不育系统Nsa CMS,具有不育性稳定、保持系容易选育等优点,其恢复系也来源于远缘杂交后代.有9条染色体的野芥在进化上与芥菜B基因组最相近,但目前野芥和芥菜的基因组信息资源极度缺乏,相关研究较少.利用Illumina HiseqTM 2000双末端测序平台,我们获得了含40 981 443reads的野芥花发育过程的转录表达序列,Trinity拼接后获得131 278个转录本,对应96 562个高质量的unigene,平均长度为832bp,N50为1 307bp.其中有8万多条unigene在公共蛋白数据库中能找到同源序列.将这些基因与芸薹属的白菜、甘蓝、油菜以及拟南芥和其他的十字花科植物的表达序列库比对,没有找到同源序列的unigene,被认为是野芥特异的基因.进一步注释分析表明,41 415个unigene被比对到KEGG数据库的122条代谢途径中.其中有1 194条序列是与植物激素相关,包括78个参与GA信号传导和白稳态的序列.用Soap软件分析了所有的unigene的表达丰度,从中找到表达量最高的200个unigene.另外还发现了21 321个野芥EST-SSR,可供B基因组开发基因来源的SSR标记.该转录组数据为深入研究野芥及其衍生的细胞质不育系统奠定了基础,也为芥菜B基因组的研究提供了参考序列.
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