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薄层扫描仪藉以样品对其特征波长的选择性吸收来定量。棒薄层的薄层是涂在很细的石英棒上的，样品点在棒一端，经展开、待展开液完全挥发、棒薄层快速穿过氢火焰离子化检测器，有机组份电离，离子在电场加速下，被收集极收集，微弱离子流经放大而被记录下来。它与板薄层色谱基本相同，需经涂棒（板）、点样、展开三个步骤，只是棒薄层比板薄层要求严格些。（薄层棒要均匀，点样要狭窄）。（穆博伦摘）