运用逻辑分析等方法，对闽台学生体质健康(体适能)监测机制与同类指标进行对比分析，研究认为：闽台两地学生体质健康(体适能)监测体系各具特色，台湾省实施效率不如福建省；闽台两地学生体质健康(体适能)监测任务均是以获取学生若干指标，了解掌握指标的发展，纵横向比较、区域比较指标差异，为相关管理部门提供决策依据为主要任务；闽台学生体质健康(体适能)评分(等级)标准中，台湾按年龄对照等级更为准确；台湾省男、女生身高在高中、大学阶段逐渐高出福建学生；根据闽台学生身体质量指数常模比较，认为台湾学生超重现象严重；可比性的同类指标比较显示，台湾学生身体素质弱于福建省学生；台湾职能部门在对学生体适能的干预过程，虽然管理层想尽了办法，做了大量的投入，但效率、结果仍不尽人意；闽台学生体质健康(体适能)监测交流合作是非常必要的，联合两岸管理层和社会力量，逐步建立跨越闽台的监测、调研、实施的联合机制是必要且可行。