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土壤微生物是土壤的重要组成部分.土壤微生物在土壤的形成,有机质的分解,各种元素的生物地球化学循环中起着重要的作用.土壤微生物的功能多样性主要是通过多种多样的代谢方式和生理功能来实现的,由此可见微生物多样性可以被认为是评价自然或人为干扰引起的土壤变化的重要指示因子.近些年发展起来的高通量测序技术,有助于科学工作者进一步认识微生物这个群体.高通量测序现在能一次对成千上万条DNA进行测序,可以很大程度的节省时间和技术成本.本文简要阐述高通量测序技术在土壤微生物研究中的应用现状.