水稻(Oryza sativa L)是喜温作物,对低温非常敏感,低温冷害在世界上许多国家均有发生,是全球性自然灾害,尤以澳大利亚南部、日本、朝鲜和中国的东北稻作区(辽宁、吉林和黑龙江)为甚。鉴定优异的水稻耐冷种质资源,采用合适的方法发掘其优异的基因资源,通过分子育种等手段精确和高效地培育耐冷的水稻品种,是解决水稻低温冷害的关键。本研究以150份水稻核心种质群体为材料,进行耐冷性鉴定和评价,并采用基于简化基因组测序技术(SLAF-seq),对150份核心种质构建SLAF-seq文库,进行150份水稻种质资源的全基因组SNP标记开发,利用SNP标记进行水稻苗期耐冷关联分析,挖掘水稻耐冷优异基因。研究结果如下:以冷处理后幼苗的枯死率为指标进行苗期耐冷性的鉴定,结果表明核心种质群体苗期耐冷性呈现明显的连续分布趋势,且呈正态分布。核心种质群体耐冷性划分为5个等级,即1级、3级、5级、7级和9级,其中耐冷等级为7级的材料数最多,1级的最少。鉴定出苗期耐冷性极强的材料3份,耐冷性极弱的材料5份。这些研究结果表明核心种质中存在不同级别的耐冷性材料,保证了目标性状在群体中的多态性。采用简化基因组技术测序,每份种质资源平均获得原始reads数867,392条。通过与参考基因组soap比对,共获得116,643条SLAF,每条SLAF平均深度为5.2x。根据SLAF检测SNP,共获得67,511个SNP位点,SLAF多态性为21.34%。通过统计基因组每100K范围内SNP个数,得到SNP在基因组上的分布情况,表明基于SLAF标记检测得到的SNP在染色体上的分布均匀。采用TASSEL2.1软件的GLM(Q)和MLM(Q+K)两种模型对150份水稻核心种质材料组成的自然群体进行苗期耐冷性关联分析,共检测到84个标记位点与供试群体苗期耐冷性显著关联(P<0.05)。这些位点分布于12条染色体上,其中9号染色体上最多为23个,11号染色体上最少为1个。本研究结果将有助于通过分子标记辅助选择等手段精确和高效地培育耐冷的水稻品种。