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稻曲病是目前我国水稻最为重要病害之一。稻曲病不但侵染水稻穗部造成严重减产,稻曲球中还含有大量对人畜剧毒的真菌毒素。由于稻曲病菌人工接种技术研究滞后,导致稻曲病菌的遗传多样性和致病性分化的研究尚不深入。通过对分离自我国不同地区的46稻曲病菌菌株和27多个来自不同地区、水稻品种和稻穗的稻曲球的rDNA-IGS序列分析发现,不同菌株之间存在明显的长度多态性,对来自同一稻穗不同稻曲球的rDNA-IGS研究表明,在同一穗子上所有稻曲球的rDNA-IGS序列是相同的重复类型。其中两个病穗上的稻曲球分属两个稀有的rDNA-IGS重复类型。按照田间稀有rDNA-IGS重复类型的病原菌5%计算,如果是水稻孕穗期侵染,产生一个穗子上6个相同的稀有rDNA-IGS重复类型稻曲球的概率几乎为0。由此可以推断,在田间自然环境下,稻曲病菌系统侵染的可能性更大。