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本文在界定行政垄断程度和区域自主创新能力的基础上，通过对比各个省域的国有大中型工业企业和三资大中型工业企业的相关数据发现，行政垄断阻碍了区域自主创新能力的形成和发展，并且行政垄断对区域自主创新能力的影响存在区域差别。在随后的实证研究中，本文分别使用随机效用模型和双因素固定效应模型对中国内地30个省级单位1998～2006年的面板数据进行实证检验，验证了行政垄断对区域自主创新能力的负向影响及其区域差别。