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2009年6月、11月和2010年4月对赣江下游轮虫群落结构的时空变化进行研究。共记录了轮虫21属26种。针簇多肢轮虫、晶囊轮虫和扁平泡轮虫为优势种。赣江下游干流轮虫的最大平均密度和生物量(6.6 ind.·L-1和0.031 mg·L-1)出现在11月，最小值(1.7 ind.·L-1和0.006 mg·L-1)出现在4月。袁河支流的轮虫密度在6月(15.4±35.4ind.·L-1)、11月(8.3±15.4 ind.·L-1)和4月(13.0±28.8 ind.·L-1)高于赣江下游干流和锦江支流。香农-威纳指数(H’)和马加利夫指数(d)表明赣江下游及其支流水质为中度污染或重污染。赣江下游及其支流的轮虫密度的时空变化与溪流甲壳动物生物量、pH和小型浮游植物生物量密切相关。