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南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)是近年发现为害水稻的一种新病毒,能引起水稻植株矮缩、高位分蘖、倒生根、抽穗量少等症状,导致水稻减产甚至绝收。SRBSDV是呼肠病毒科(Reoviridae)斐济病毒属(Fijivirus)的一个新成员,主要分布在我国南方和越南北部。目前我国已有关于SRBSDV全基因组序列的报道,如SRBSDV广东水稻分离物(SRBSDV-GD,FN56563983)、SRBSDV海南水稻分离物(SRBSDVHN,FN563989)。本研究采集安徽怀宁表现明显黑条矮缩症状的感病水稻样本,根据GenBank已发表的SRBSDV全基因组序列设计简并引物,RT-PCR扩增S1-S10片段,分别克隆并测定了SRBSDV安徽分离物(SRBSDV-AH)S1-S10的全基因组序列。SRBSDV-AH S1-S10共10个基因组片段,全长29 122bp,单个片段长度为1 798～4 500bp,G+C含量32.0%～38.1%,与斐济病毒属其他种G+C含量相似(31%～39%)。SRBSDV-AH S1-S10全长核苷酸序列与SRBSDV-GD和SRBSDVHN的相应片段核苷酸序列相似性均很高,分别达83.5%～84.0%、67.9%～68.3%、97.6%～97.9%、98.3%～99.0%、98.3%～98.8%、98.7%、100%、99.1%～99.6%、99.3%～99.8%和98.7%～99.4%,而与水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)不同分离物的相应片段核苷酸序列相似性均较低,分别为74.7%～74.8%、67.9%～68.3%、45.0%～45.1%、21.1%～21.4%、63.5%～65.3%、62.2%～62.3%、66.1%～67.0%、66.6%～67.7%、74.2%～74.6%和71.9%～79.0%。分别构建SRBSDV-AH S1-S10全长核苷酸序列与斐济病毒属(Fijivirus)其他成员S1-S10核苷酸序列的系统关系树,结果发现,SRBSDV-AH与SRBSDV-GD和SRBSDV-HN均单独形成一个分支,说明SRBSDV-AH与SRBSDV-GD和SRBSDV-HN的亲缘关系最近。因此,推测分离自安徽水稻的SRBSDV-AH可能来源于我国南方的广东省或海南省。