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滚环扩增技术是一种体外恒温DNA扩增方法，特异性好，敏感性强，已广泛应用于微生物学领域。本研究首先采用鉴别PCR对来自新疆某地区的5份猪病料进行猪圆环病毒2型的检测，接着对检出的2份猪圆环病毒2型阳性DNA样品进行滚环扩增。滚环扩增产物经单一限制性内切酶(SacⅡ)酶切及琼脂糖凝胶电泳鉴定，结果显示2份样品都出现了猪圆环病毒2型基因组大小的条带。对目的条带进行回收、克隆与测序，结果表明2株新疆株猪圆环病毒2型的全基因组大小皆为1768 bp。遗传进化分析显示2株的基因型为PCV2a和PCV2e.