莱芜猪NYGGF4基因CDS区的克隆与进化分析

来源 :第十五次全国动物遗传育种学术讨论会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kuruby
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NYYGF4基因是利用抑制性差减杂交(SSH)技术筛选肥胖与正常人腹膜后脂肪组织中的差异表达基因。NCBI上己经公布T人类(Homo Sapiens)、大鼠(Rattus norvegicus)、牛( Bos taurus ),黑猩猩(Pan troglodytes )、鸡(Gallusgallus)、鮐(Danio rerio)、犬(Canis lupus familiaris)等7个物种的NYGGF4完整CDS序列,但有关猪的NYGGF4的完整CDS序列还未见报道。本文取114kg体重屠宰的莱芜猪的脂肪组织,液氮冷冻后提取RNA,反转录,利用NCBI上公布的人类、大鼠、牛的NYGGF4完整CDS序列设计兼并引物,扩增出343 bp的片段(GQ225113),然后在5-UTR区设一上游兼并引物,在已知343 by序列部分设特异性下游引物,在己知343 by序列部分设特异性上游引物,在3-UTR区设一下游兼并引物,分别运用RT-PCR扩增,结果通过拼接获得全长CDS区,重新设计引物扩出全长CDS区,全长片段通过检测回收,克隆测序鉴定,最后采用DNAMAN软件对人、鼠、牛、黑猩猩以及猪的NYGGF4基因的核苷酸和氨基酸序列进行同源性比对,并构建进化树。
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