目的初步筛选淮安食管鳞癌与癌旁组织中差异表达的LncRNA,为进一步研究与肿瘤相关的IncRNAs在食管鳞癌发病机制中的作用奠定基础。方法分别提取3例患者食管癌组织及配对癌旁组织的总RNA,体外逆转录制备并标记为双链cDNA(ds-cDNA),与人类LncRNA表达谱芯片进行杂交,经扫描后,用Agilent GeneSpringGX V1 1.5.1软件进行分析运算,筛选出差异表达的LncRNA。结果按照foldchange≥2.0,P<0.05的标准,筛选出表达差异有统计学意义的LncRNA共1019个,其中399个上调,620个下调。GO分析发现这些LncRNA可能调控的mRNA主要参与了细胞周期、细胞分化、蛋白酶活动等过程。Pathway分析发现蛋白酶通路相关的BF510189和同源重组通路相关的AL122013.1可能与肿瘤的发生、发展关系密切。对筛选出的差异表达LncRNA进行分类和亚型分析,发现差异表达的lincRNA和附近的编码基因对(距离<300 kb)有25对,差异表达的增强子样LncRNA和其附近的编码基因(距离<300 kb)有11对,其中lincRNA-TSPAN8和lincRNA-CCDC33预测与食管癌关系较为密切。与现有食管癌相关LncRNA数据库的比对分析显示,在本次研究中有13个差异表达LncRNA与已有研究报道相同,分别为:AJ006998.2,AC034220.3,AL035610.2,RP11-38M15.6,NCRNA00092,UCA1,CTA-134P22.2,NCRNA00152,RP11-540N6.1,RP11-597D13.8,RP11-47P18.1,RP11-480D4.3和AC007250.4。结论本次研究共筛选出1019个具有统计学意义的差异表达LncRNA,其中17个候选LncRNA可能成为食管癌早期发现和诊断的生物标志物。