祖国医学因其独特的“整体观念”、“辩证论治”、“三因制宜”的理论体系，在亚健康的认知、诊断筛查及干预方面相比现代医学具有特色和优势。中医学从整体观念出发，可认识到亚健康的发病是整体因素的作用，而并非是某个器官和组织的异常，将亚健康的发病上升到了一个多角度、多层次、多因素的高度，充分阐释了这一复杂状态的成因：从辨证论治出发，可认识到亚健康并非属于一个统一的、固定不变的模式，而是不同的患者在不同的阶段均有不同的表现，因而可以因时制宜、因地制宜，尝试个体化的治疗方案，使得不同情况下的亚健康均有据可循、有法可依、有方可治；从三因制宜出发，可认识到亚健康不仅仅是周围环境的改变而引发，同时患者自身的情况即内因亦是不可忽视的作用，这与目前现代医学所倡导的“生物-心理-社会医学模式”本质上是一致的，通过这一理论，对于寻找亚健康的发病因素从而采取相应的手段具有重要的指导意义。 就亚健康状态的中医辨证分型而言，其分型庞杂，依据各异，不同医家对于辩证存在分歧，具有个体性差异，缺乏规范化、标准化，这给亚健康问题在实际中的治疗带来了困扰。而地理因素、生活环境因素、体质因素等个体化因素也导致在临床上界定亚健康范围、诊疗存在很大差异。同时，不同医家进行研究的背景不同，收集的病患群体地域各异、层次参差不齐、年龄段跨越过大，很难形成一套为全中国人所普遍接受的分型方法。除此之外，中医理论的辩证体系多样，有脏腑、阴阳、三焦、气血等，立足点不同，造成的辩证分型方法必定各异，因此，如何将诊断标准、治疗指南更加客观化、标准化是今后研究的一个重要方向。 在亚健康的中医治疗方面，不同的学者同样有着不同的治疗方案和经验，例如有不少学者认为以某一脏腑为切入点进行辨证治疗在临床中收到不错的疗效；其他学者认为亚健康状态产生的根源在于脾胃虚弱，通过调补脾胃改善机体内环境，从而干预人体亚健康状态；也有学者通过调肝补肾治疗疲劳型亚健康，取得了良好的临床疗效。随着本领域研究的深入，尽管对于亚健康的辩证逐渐细化和科学严谨，但治疗上仍难有统一的标准，这与中医强调个体化治疗方案有莫大的关系，无论是将来更加强调因人制宜的治疗方案，还是通过更大的样本得出更多的辩证类型及治疗方案．以求制定能为大多数临床工作者所接受的治疗指南，均是将来中医治疗亚健康状态的较好的方向。