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通过检索中国知网、万方数据库近5年关于针刺治疗功能性消化不良的文献，从分子生物学、神经影像学、电生理学、代谢组学和基因组学五个方面整理并归纳，以探讨针刺治疗功能性消化不良的机制。结果发现：针刺可以促进脑肠肽的分泌并引起边缘系统—大脑的协同响应，其对胃电节律、血浆大分子代谢物、基因表达也有调节作用。笔者认为针刺治疗功能性消化不良的机制是多途径的，而调节脑肠轴的功能活动只是其中一个重要机制。