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在本文中，我们对凝血酶-抑制剂复合物分别在AMBER电场和极化专一性蛋白电荷1(PPC)下进行分子动力学模拟并计算结合自由能.PPC将电荷极化效应考虑在内，而标准力场中是不存在的，通过将模拟结果与实验值对比，可见运用极化专一性电荷能够显著提高蛋白与配体的RMSD值(图1)的稳定性.
在MD模拟的基础上探究凝血酶与小分子的结合机制
【摘 要】
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在本文中，我们对凝血酶-抑制剂复合物分别在AMBER电场和极化专一性蛋白电荷1(PPC)下进行分子动力学模拟并计算结合自由能.PPC将电荷极化效应考虑在内，而标准力场中是不存在
【机 构】
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山东师范大学物理与电子科学学院济南250358
【出 处】
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第七届全国计算原子与分子物理学术会议
【发表日期】
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2018年8期
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