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戊型肝炎由戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)引起,主要通过粪-口传播,是一种人兽共患传染病。已从猪、鸡、犬、鼠、鹿和灵长类等多种动物中检测到HEV抗体或核酸。为了解云南省猪场戊型肝炎的流行情况及常见基因型,本研究从部分规模猪场和散养户采集166份6~8月龄猪的粪便样品进行病毒核酸检测。先从粪样中提取总RNA,进行RT-nPCR扩增。PCR产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测,将纯化产物链接到pMD18-T载体上,制备单克隆质粒,送公司测序。结果发现,粪便样品中戊型肝炎病毒阳性率为12.7%。应用MEG4软件对所得基因序列进行遗传进化树分析,检测到的11株流行株与基因1型、2型、3型和4型参考序列的核苷酸同源性分别为85.6%~87.8%,85.6%~87.8%,85.6%~95.6%,92.8%~98.9%。表明这些流行株均属于基因4型。Lu在HEV 4个主要基因型的基础上,进一步将其分为24个基因亚型(1a,1b,1c,1e;2a,2b;3a,3b,3c,3d,3e,3f,3g,3h,3i;4a,4b,4c,4d,4e,4f,4R)。我们此前的调查表明,云南省流行的基因亚型包括4c,4d,4b及一些未知的基因型,与Lu的基因型分类相符。由于戊型肝炎病毒基因组具有广泛的遗传异质性和高度的灵敏性,需要从HEV保守基因组区域设计扩增引物和目标探针。王晶晶等经序列分析鉴定的猪HEV至少有基因型3型和4型,同一地区分离所得的人与猪的HEV同源性高度相似,甚至同一亚型间同源性可达95%-100%。表明基因3型及基因4型HEV感染导致的戊型肝炎是人畜共患病。本次调查结果发现HEV在云南省的阳性率为12.7%,和其它省份报道的流行率接近,所分离的11个毒株均为基因型4型。