肝癌特异性基因启动子中突变位点的筛查和关键模体的分析

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目的通过筛选含有肝癌特异性表达基因启动子中的关键模体(motif),为今后制备肝癌靶向性重组启动子奠定基础。方法首先通过生物信息学方法分析获得甲胎蛋白(AFP)、Dickkopf-1(DKK1)、高尔基体蛋白73(GP73)、丛生蛋白(Clusterin)的启动子序列,并设计特异性引物;其次以人肝癌细胞基因组为模板,PCR扩增目的片段;再将扩增获得的基因片段其定向克隆到pCB-EGFP绿色荧光蛋白表达载体中,构建重组质粒:AFPppEGFP、CLUp-pEGFP、DKK1p-pEGFP、GP73p-pEGFP,转化至E.coli DH5α感受态细胞中。最后,将克隆出的质粒基因进行测序,再使用三种软件Promoter Scan、Plantcare和MEME对基因进行分型找出关键模体。结果质粒PCR与双酶切验证表明目的片段已克隆到pCB-EGFP载体上,通过测序结果比对发现肝癌细胞中几种特异性表达因子的启动子中存在多个突变位点。结论成功构建含有特异性表达基因启动子的质粒载体:AFPp-pEGFP、CLUppEGFP、DKK1p-pEGFP、GP73p-pEGFP,分析得出5个待验证的关键模体:GTCAT、CTCC、TTTTCT、AGGCAG、GCCGGG。
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