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本文在内存不足的实际情况下实现了基于文件拆分的高斯消去并行算法,文件拆分思想的提出是通过将大规模系数矩阵文件连续拆分成多个小规模子文件进行存储和计算,使得空闲内存规模虽小却可以有较好的计算能力。将其应用在ABEEMσπ模型[1]中计算蛋白质分子的电荷分布部分进行仿真实验,使得在Altix3700服务器任务提交量大、CPU占有率高时也可以对该问题进行求解并取得满意的仿真结果。