本文从我国专利权制度的行政保护与司法保护的“双轨制”入手，认为在新形势下为了加强专利保护力度，有必要将专利行政执法与司法保护有机衔接起来，扬长避短，发挥各自的优势，避免相互之间的冲突。文章接着指出了专利行政执法与司法程序衔接应遵循的五个原则：协调配合原则、依法监督原则、统一标准原则、合理引导原则、优化配置原则。课题的主体部分为三个部分，分别从制度层面、机制层面和管理层面对专利行政执法和司法程序衔接问题进行了研究。在制度层面上对行政执法案件与司法案件的协调机制、专利行政执法与司法程序中事实和结果的相互确认两个问题进行了研究;在机制层面上对专利行政保护与司法程序执法标准的统一和协调、完善非诉行政强制执行制度、专利权行政保护与司法程序的双向对接机制、建立专利行政部门与司法部门的联动机制、专利行政机关和司法机关之间的人员交流机制五个问题进行了研究，在管理层面上对充分利用专利行政部门技术专家解决司法程序中的技术难题、探索委托行政机关参与诉讼调解新途径、建立业务培训的交流机制、建立与工商、版权局的横向联动保护机制四个问题进行了研究。