本研究收集了分布于福建、江西、湖南、广东四省的野生山金柑资源共262份。选取其中有代表性的37个采集点的样品对其表型性状多样性进行研究，并应用核基因组SSR(simple sequence repeat)分子标记技术分析不同地区野生山金柑的遗传多样性及其亲缘关系。结果表明：(1)野牛山金柑种质资源多样性丰富，不同地区之间果实形状、果皮厚度和叶片形状都有显著差异。叶片形状可分为有翼叶和翼叶两类，多数为有翼叶类型且跟地域无明显关系；果形大致可分为：扁果型、圆果型和长果型三类；多数地区山金柑呈现多胚性特点.极个别地区植株发现有单胚性特性，极具研究价值；流式细胞仪分析表明山金柑为二倍体。(2)将37份野生山金柑用20对SSR引物共扩增出 114　条清晰谱带。其中多态性谱带103条，平均检测到5.7条谱带，最少为2条，最多为12条。研究发现不同野生山金柑之间遗传距离在0.31内，说明其亲缘关系在种以内，且亲缘关系远近跟地域分布有直接关系。