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采用高通量的测序新技术，在不需要任何参考序列的前提下，对miRNA(微小RNA)进行直接测序，以较低的成本，非常快捷的完成特定材料的miRNAome的分析，相对传统的预测加芯片验证的方法而言，新测序技术可以一次完成定量和定性的两个层次的研究，非常适合用来进行新型miRNA的鉴定以及不同材料的比较miRNAome分析。本文将结合本研究室开展的水稻应答过氧化氢的miRNAome比较分析以及棉纤维分化过程的miRNAome比较分析的研究结果来介绍植物比较miRNAome分析的研究进展。