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种作为生物分类的基本单位，细菌的种一直缺乏一个有理论基础、被广泛接受的概念，给其分类和鉴定带来很大的不便。目前细菌种的概念是建立在相似性基础上的，认为种是具有足够相似的表型特征和DNA同源性的一群细菌，细菌种的定义要通过多相分类，包括16S rRNA序列分析、DNA-DNA杂交、G+C mol％测定、数值分类等技术手段，使得被定义的细菌在表型和遗传学特征上与其它的种相区分。细菌生态种的概念、多基因序列分析等是近年来细菌分类学重要进展。