高内涵分析仪是在显微镜技术上发展起来的高通量细胞成像分析仪，在药物筛选中能够实现多参数多信号的同时检测，不仅能够阐明样品与药靶的相互作用关系，而且可同时了解细胞的其他生物学改变，进而研究其对相关代谢途径或信号通路的影响，并通过观察细胞形态等指标来预测化合物的毒性。因此，高通量的细胞成像分析仪在新药筛选过程中已成为越来越重要的研究手段。本平台配备有低中高端不同配置的高通量细胞成像仪，以及高内涵数据分析服务器，能够满足基于细胞成像的大规模药物筛选数据获取和数据分析的需求。本文介绍了高通量细胞成像仪在细胞增殖、报告基因系统、细胞迁移以及蛋白质的降解调控、单细胞动态追踪、蛋白质凝集等方面的应用，并简要介绍了高内涵数据分析流程和数据的二次分析。另外，从仪器的使用前咨询、仪器的使用培训、仪器的日常校正和数据管理几个方面介绍我们平台的日常管理和服务，跟同行们互相交流，共同探讨。