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从1958年学会联合会合并进入中国科协后，它作为中国科协系统中最重要的组成部分，二者间基本上是被领导与领导的关系。一直发展到20世纪80年代以后，学会才开始回归，逐步走向独立自治的道路。文章通过梳理不同时期下科协组织和所属学会间关系的变化历程，分析了中国科协和学会的性质区别。最后，探讨新时期下如何共同完善和加强中国科协与学会间的发展，在增强政治性、先进性、群众性，完善和充分利用学会的各方资源，淡化科协行政色彩、强化科学共同体的形象，推进学会组织管理体制创新等四个方面展开思考，以期为新时期下科协组织如何加强学会工作提供一些思路。