宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组学技术即利用测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以分析微生物群体的基因组成及功能和代谢通路，解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。海南省位于热带地区，岛内农产品种类丰富，同时多种农产品的加工涉及发酵问题。因此清晰阐释农产品发酵过程中微生物群落结构及功能基因的动态变化是提高热带农产品加工品质、降低生产成本并实现大规模工业化生产的基础。在前期研究中，通过使用宏基因组学技术，我们系统揭示了胡椒液态脱皮和固态脱皮过程中的核心微生物群落，并将该微生物群落预测获得的功能基因组与脱皮相关酶家族建立了密切的相关性，为后续胡椒脱皮微生态制剂的研发奠定理论基础。同时，通过使用宏基因组学技术，我们精确解析了椰子水预发酵过程中细菌和真菌的群落结构变化，并将发酵过程中的关键微生物与有机酸等微生物代谢产物建立关联，为发酵椰子水品质的优化和细菌纤维素产量的提升提供理论依据。