【摘 要】
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从北冰洋楚科奇海和加拿大海盆的22个表层沉积物样品中,分离得到135个放线菌菌株.16SrRNA基因序列分析表明,这些菌株归属于18个属,其中链霉菌属最多,其次为拟诺卡氏菌属
【机 构】
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中国极地研究中心,上海200136
【出 处】
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第七届全国微生物资源学术暨国际微生物系统与分类学研讨会
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从北冰洋楚科奇海和加拿大海盆的22个表层沉积物样品中,分离得到135个放线菌菌株.16SrRNA基因序列分析表明,这些菌株归属于18个属,其中链霉菌属最多,其次为拟诺卡氏菌属、红球菌属、盐细菌属.针对75个代表菌株进行基因筛选,发现74.7％、28.0％、64.0％、13.3％、52.0％、48.0％和64.0％的菌株分别含PKS Ⅰ、PKS Ⅱ、NRPS、Phenazine、6-DOH、Halogenase和CYP基因.针对抗菌活性筛选,70.7％、56.0％和52.0％的菌株分别对枯草芽孢杆菌、白色念珠菌和金黄色葡萄球菌具有抗性,但仅约5.0％的菌株对大肠杆菌有抑制作用.对其中一株Streptomyces sp.604F进行了基因组测序,组装得到基因组大小为6,912,945 bp,平均GC含量为73.08％.经注释获得6,181个基因,占基因组全长的87.57％.比较基因组分析发现,基因组最相似的为Streptomyces sp.GBA 94-10和Streptomycessp.PVA94-07,均分离自Trondheirfjord(Norway)的一种海绵.据antiSMASH软件分析,604F基因组具有28个不同的次级代谢产物编码基因簇,包括非核糖体肽类编码基因簇、萜类基因簇、乳酸菌肽(lantipetide)基因簇、杂合聚酮/非核糖体聚肽类基因簇、Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型聚酮合酶产物基因簇等.其中,大多数次级代谢产物基因簇与已发表的基因簇存在较大差异.该研究表明,北冰洋海洋沉积物蕴藏丰富的放线菌种质与基因资源,并有望挖掘出新颖的物种、基因与产物.
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