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一般认为绒鼠属有3个亚属:指名亚属Eothenomys,东方绒鼠鼠亚属Anteliomys 和绒平亚属Caryomys.在四川、云南、山西、陕西、甘肃5省采集了约2000号绒鼠类标本。通过对不同居群的头骨和外部特征、阴茎形态学及co1, cyt b基因序列的研究，认为原绒鼠属的3个亚属分别是独立属。原来被认为产于日本、朝鲜、西北利亚等地的属于绒鼠属的物种，不属于绒鼠类。从分子生物学研究认为，绒鼠类共有13个种:黑腹绒鼠、云南绒鼠、大绒鼠、昭通绒鼠、玉龙绒鼠、西南绒鼠、中华绒鼠、德钦绒鼠、二郎山绒鼠、康定绒鼠、美姑绒鼠、甘肃绒鼠、岢岚绒鼠。根据外部形态特征和阴茎形态，又成立了5个新亚种:黑腹绒鼠重庆亚种、大巴山亚种、川北亚种及甘肃绒鼠的黄龙亚种和邛崃山亚种。