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采用正交试验设计的方法，建立了棉花ISSR-PCR分析的优化反应体系。试验结果表明在20μL体系中，DNA浓度为60 ng、ddH2O7.4 μL、Buffer 2 μL、Taq酶1.0U、MgCl23.0 mmol·L-1、dNTPs 3.0 mmol·L-1、引物1.5 μmol·L-1为最佳体系；最佳反应条件为第一步为94℃变性3 min，第二步为94℃变性1 min，51℃退火40 s，72℃延伸90 s，45个循环，第三步为72℃延伸7 min，4℃保存。