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“十一五”规划将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发4类主体功能区，未能覆盖全部国土。从生态环境保护的角度来划分，全国主体功能区还可以分为全面保护区、重点保护区、一般保护区和治理控制区。随着全国不同区域主体功能的定位，建立相应的生态补偿机制成为一种必然要求。生态补偿包括生态修复补偿和生态贡献补偿。生态修复补偿实行谁破坏谁补偿原则，包括自行补偿和委托补偿、等量补偿和加倍补偿；生态贡献补偿实行共建共享原则，以上级财政转移支付为主要补偿途径，需要合理确定生态补偿水平，还可以实行飞地补偿。