隐孢子虫花栗鼠基因型Ⅰ是一种新发的可感染人的病原。但目前针对于该病原还没有有效的亚型区分工具,因此无法判断动物源传播在该病原的流行中所发挥的作用。为了搜寻可用于亚型区分的遗传标记,我们对一株人感染的花栗鼠基因型Ⅰ分离株的基因组进行了测序,共获得853条重叠群序列,由此获得的拼接序列总长为9,509,783 bp,测序深度约为227×。根据获得的全基因组数据,筛选出了一个编码60-kDa的糖蛋白(gp60)基因和一个编码黏蛋白基因(cdg1_470)来建立亚型区分工具。采用建立的亚型区分工具对25个来自于美国和瑞典的人源样品、3个来自于纽约集水区附近的啮齿动物源样品和4个纽约集水区水样中包含的花栗鼠基因型Ⅰ进行了亚型区分。在gp60位点上,共发现了15个亚型。尽管在人、动物和水源中检出的花栗鼠基因型Ⅰ的亚型都不相同,但是这些亚型主要在编码丝氨酸重复序列区的三核苷酸(TCA,TCG或TCT)拷贝数上存在差异。在非重复序列区,仅出现了2个单核苷酸多态性位点。此外,在来自于人的样品中,花栗鼠基因型Ⅰ的亚型分布还呈现出一定的地理差异。相比而言,在黏蛋白位点上仅发现了2个亚型,并且这两个亚型之间仅相差一个30-bp的小卫星拷贝。因此,人源和动物源的隐孢子虫花栗鼠基因型Ⅰ具有遗传相似性,而且动物源传播在人的感染中可能发挥了非常重要的作用。