穗长在小麦穗型和产量形成中起着重要作用,克隆穗长基因,解析其遗传效应并开发功能性分子标记,对小麦穗型遗传改良及高产高效型新品种选育具有重要意义。qSl-5A是我们前期利用科农9204×京411构建的重组自交系群体检测到的控制穗长多环境稳定主效QTL,其增效等位位点增加穗长约0.7cm,同时在自然群体中也发现靶区段具有与穗长显著关联的SNP,但目前未见该位点精细定位的报道。利用两套近等基因系构建的F2群体,结合IWGSCRefSeqv1.0、科农9204组装序列和亲本重测序数据开发的标记,共筛选到45个重组体。通过精准鉴定重组体F2:3的穗长表型,将qSl-5A定位于1.8 Mb的物理区间,该区间含有大量重复序列。参考科农9204基因组注释,候选区间共有20个基因,其中9个基因在不同组织部位均未检测到表达量,而其它11个基因中,有3个基因在启动子区存在序列差异,1个基因在内含子区有差异,进一步的基因候选和遗传转化正在进行。此外,NILs多环境表型鉴定表明,qSl-5A增效位点在显著增加穗长的同时,能够显著增加穗粒数和提高单株产量。