动物线粒体基因组全序列(mtDNA)是核外遗传物质,基因组较小,且基因结构及基因排列简单,多个拷贝,易于分离;物种内没有基因重排,非编码序列少(D-loop除外),广泛用于分析动物类群间的系统关系。软体动物mtDNA为典型的环状双链分子,长度大多在14～18 kb之间,编码37个基因,包括13个蛋白质基因(COI～COIII、Cytb、ND1～ND6、ND4L、ATP6和ATP8)、22个tRNA、以及12S rRNA和16S rRNA。软体动物的mtDNA基因排列和基因含量是不保守的,存在大量基因重排。因此软体动物线粒体基因组是系统进化研究很好的材料,其优越性是其他动物类群难以比拟的。目前,已报道的mtDNA的基因组共有66种,如太平洋牡蛎(Crassostrea virginica)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、森林葱蜗牛(Cepaeanemoralis)、黑唇鲍(Haliotis rubra)等。有关软体动物系统发育及其分类学研究虽然有了很大进展,但目前对软体动物的自然分类系统尚有不同的见解和看法,诸多研究工作还有待开展。