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明清时期随着方剂数量剧增、辨治模式转变、中医理论的提高，其分类由明清以前以病证分类为主逐渐转变为以功效分类或者功效与病证并重的分类方法为主导，类方分类法、脏腑分类法、临床各科等不同的分类方法均有发展。汪昂的《医方集解》在方剂分类上建立较严密的体系，使方剂学成为一门不依附于本草学或病证学的独立学科，对后世产生深远的影响。