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本研究首先对采用Vero细胞从EV71感染流行地区患者体内分离到的病毒进行鉴定，电镜下可观察到直径约为20-30nm的圆形病毒颗粒，呈典型的肠道病毒形态；采用特异性EV71单抗进行间接免疫荧光试验检测，其可与EV71特异性单抗结合，荧光显微镜下可观察到病毒感染细胞呈现特异性的黄绿色荧光；由于EV71和CA16是引起手足口病的两种主要病原，并且二者核苷酸有一定的同源性，为进一步对分离株进行鉴定，分别采用EV71和CA16特异性引物通过RT-PCR对其核酸进行扩增，结果发现采用EV71特异性引物可以扩增出约226饰的特异性条带、而CA16特异性引物不能扩增出相应条带；VPl基因序列测定及种系发育分析结果显示，这两株病毒均为C4基因亚型。