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显微光学切片断层成像(MOST)技术的出现，使得在各向同性微米量级的三维空间中，观察哺乳动物大脑的精细真实解剖学结构成为了可能。但由于个体差异，无法将小鼠参考脑图谱的解剖学分区标记信息直接匹配到高分辨率的MOST 小鼠脑图像数据上。为了解决这个问题，我们建立了一个基于脑区轮廓的混合配准方法，包括特征点提取、全局线性配准、全局非线性配准和局部非线性配准等几个步骤。利用这个方法，我们将一套MOST 小鼠全脑数据集精确地配准到了艾伦(Allen)小鼠参考脑图谱上。这个新方法，将为基于海量图像数据的神经元长程追踪、神经元形态学分析、细胞分类等提供对应的脑区位置参考，是脑科学研究的技术基础。