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方证相应理论是辨证论治的核心内容,是临床取效的关键环节.在病证结合、方证结合基础上,遵循整体性、动态性原则,探求方证间的内在联系与物质基础,对阐明中医药作用机理、提高临床疗效具有十分重要的意义.近年来,将系统生物学方法技术应用于方证相应理论研究取得了一些新进展,显示出更加注重整合的趋势.本文从蛋白质组学研究、代谢组学研究、整合研究方面对方证相应理论研究进展进行了综述,并就当前研究中存在的问题及下一步研究方向提出了一些看法.