分子的结构决定了其生物化学功能。分子结构的分析是化学、生物学、医学研究中的一个重要课题。质谱技术可以实现在复杂体系中对痕量物质的高灵敏度检测，被广泛应用于复杂样品的成分分析。质谱检测通过测量离子的荷质比确定离子的分子量，通过二级与多级质谱技术获取离子的一级结构信息。但是对于离子的三维结构信息提取，质谱技术相对无能为力。为了解决上述问题，目前科学家利用离子迁移谱与质谱结合，以获取更多的分子结构信息。但是，分子尤其是生物分子的空间结构复杂，目前的技术还是不能完全满足需求。本工作提出了一种离子空间结构分析新方法，傅里叶变换离子阱内部离子碰撞截面积分析方法。在高能离子碰撞的条件下，该方法可以实现在傅里叶变化质谱质量分析器内部实现离子碰撞截面积的分析，可在获得高分辨质谱图的同时获取离子的碰撞截面积。