【摘 要】
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蛋白质磷酸化基序指的是位于磷酸化位点周围具有位置特殊性的氨基酸序列.磷酸化基序挖掘是生物信息学中的一个重要问题.针对该问题,已经提出了一些有效的挖掘方法.但是,这些
【机 构】
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遵义师范学院信息工程学院大连理工大学软件学院
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蛋白质磷酸化基序指的是位于磷酸化位点周围具有位置特殊性的氨基酸序列.磷酸化基序挖掘是生物信息学中的一个重要问题.针对该问题,已经提出了一些有效的挖掘方法.但是,这些方法所挖掘到的磷酸化基序中会存在很多的假阳性结果.采用这些假阳性结果做进一步研究会导致严重的误导.通常,可以采用统计显著性检验来过滤掉这些无意义的磷酸化基序.置换检验是统计显著性检验中一种常用的方法,但该方法存在三个明显的缺点,这些缺点降低了置换检验的实用性.本文分析了置换检验中三个缺点的原因,并且提出了一个叫做EPPM的算法来计算所有被检验的磷酸化基序的精确置换检验p-value.实验证明EPPM算法能够成功的消除掉置换检验中的三个缺点,并且在几个性能评估指标上要胜过非精确置换检验算法.据作者所知,这是目前唯一能计算精确置换检验p-value进行磷酸化基序结果评估的研究工作.
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