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本文对ICT-BLAST算法优化与并行算法设计进行了研究。ICT-BLAST对BLAST启发式算法的实现做了优化，引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表，实现了I/O延迟掩藏，提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法更有利于并行化的实现，在并行系统中，将库文件广播到各个计算节点，由节点在局部分别建立哈希表，然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对。计算结果可以在节点直接输出,不需要主节点收集，减少了通信开销。