在长江流域的水污染形成过程中,由船舶引起的污染占很大的比重,而针对船舶污染的调控机制系统研究在国内外还处于空白状态。本文首先对船舶污染的物理及经济特性进行了分析,同时对目前国内外普遍运用的污染调控政策机制的特点及其对船舶污染的适应性进行了分析研究。在此基础上文章首次提出了针对船舶污染进行调控的耦合激励机制。该机制主要包括“环境浓度税征收和排污退税激励”两大部分：在环境浓度税征收部分借鉴了传统“庇古税”外部经济内部化的思想对船舶排污者进行征税,主要方法包括应用L.D.詹姆斯模型和概率论来估算总体环境浓度税,再采用模糊数学理论及实证分析方法估算和征收单船环境浓度税,在排污退税部分运用激励机制的设计工具和思想,引出关于排污的真实信息,最终实现航运与长江环境可持续发展。