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DNA条形码(DNA barcoding)技术作为近年来发展起来的物种鉴定的一门新兴技术，已引起越来越多的关注。其原理是利用一段短DNA标准序列(对动物而言一般为线粒体细胞色素c氧化酶亚单位I，mitochondrial cytochrome coxidase subunit I，COI)来实现物种鉴定。它的两大主要目的是鉴定已知种和发现新种。DNA条形码相对于传统生物鉴定的优势在于可以揭示隐存种，鉴定缺少形态数据或形态不易区分的种类，为物种鉴定提供简单有效的工具。目前DNA条形码已经成功地在一些较大的动物类群中得到了验证，如：鸟类、鱼类、蜘蛛等，而且正应用于更多的生物类群。本研究探讨了条形码标准基因的COI序列应用于中国沿海缀锦蛤亚科贝类物种鉴定的可行性，获得了该亚科5属11种贝类51个个体的43个单倍型序列。碱基替换饱和性分析表明颠换未出现饱和现象，而转换在序列分化达到10％至15％时即到达饱和。遗传距离和系统发生分析表明杂色蛤仔(Ruditapes variegata)单倍型hap33由杂交引起。排除此单倍型，种内个体间遗传距离在0到2．02％之间，平均为0．46％，属内不同种个体间遗传距离在17．21％到32．24％之间，平均为24．96％，存在条形码间隙：11种缀锦蛤亚科贝类在系统发生树上都形成了相互独立的进化枝。结果表明基于COI的DNA条形码技术能够将研究涉及的98％的缀锦蛤亚科贝类鉴定到种的水平，因此，利用DNA条形码技术可以对缀锦蛤亚科贝类进行有效地分类鉴定。