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为重建核果类果树的系统发育,本文选择桃、李、梅、杏、樱桃各4-~5个主要种或变种,共24个基因型,测定了其叶绿体非编码区atpB-rbcL序列。以桂樱为外种群,PAuP计算数据集的得分,Modeltest筛选最佳模型和参数,Mega计算遗传距离、变异,最大简约法构建系统发育树。结果表明:1.atpB-rbcL在核果类果树各组间分子进化速率不同,差异公布不均衡;2.樱桃较其他核果类果树原始;李、梅、杏亲缘关系较近,梅、杏关系最近。核果类果树是一个单系群,由一个共同的祖先沿着两个方向进化,一枝进化为樱桃,另一枝沿不同的途径产生桃、李、梅、杏等核果类果树。