本文首次对ITS/ITS2条形码鉴定羌活药材的稳定性与准确性进行研究，选用31份羌活药材样本，提取基因组DNA，通过PCR扩增ITS序列，PCR产物双向测序，所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型的HMMer注释方法获得。混伪品序列下载自GenBank。采用MEGA5.0软件对羌活药材及其混伪品进行序列比对，计算种内和种间距离，构建邻接(NJ)树。结果表明，羌活药材ITS序列长度为603-604bp，ITS2序列长度均为228bp，羌活药材ITS/ITS2序列单倍型与其两种基原植物叶片序列一致，并全部涵盖GenBank中相应物种提交的序列。二者种内平均K2P距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P距离；邻接(NJ)树显示羌活药材基原植物羌活、宽叶羌活与其混伪品均可明显区分，表现出良好单系性。因此ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别羌活药材，为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要的分子依据。